Trong cuộc chiến tiếp theo bản tuyên ngôn ngày 17 tháng 8, Indonesia phải đương đầu với quân Nhật, rồi tiếp đến là quân Hà Lan có sự tiếp sức của quân Anh. May nhờ ngoại giao khéo léo, người Indonesia đã không phải đổ quá nhiều xương máu: chỉ khoảng 45.000 đến 100.000 chiến sĩ và 25.000 đến 100.000 thường dân Indonesia bị thiệt mạng. Cuối năm 1949, Indonesia được Hà Lan công nhận là quốc gia độc lập và bàn giao lại hệ thống hành chính. Indonesia là thành viên Liên hợp quốc từ 25 tháng 10 năm 1950.